为实行中医现代化，余仁生与各大学府、医院、研究中心等专业机构合作，支持独立科研计划，为中医药业做出贡献。部分机构包括：

香港中文大学
香港浸会大学
香港东华三院
新加坡南洋理工学院
马来西亚东姑阿都拉曼大学
新加坡国立癌症中心
英国牛津Sibelius